Der neue City Night Line-Fahrplan, der ab dem 14. Dezember 2008 gilt, bietet zahlreiche Neuerungen. Neu ist die direkte Verbindung Zürich-Prag über Basel und Dresden. Gleichzeitig werden zahlreiche Verbindungen jetzt auch täglich angeboten, wie beispielsweise der Zug von Amsterdam über Berlin nach Prag. Auch von München gelangen Reisende an sieben Tagen in der Woche über Nacht nach Hamburg, Berlin, Kopenhagen, Rom und Venedig.
Eine weitere Neuerung: Fahrgäste können ab Dezember 2008 auch einzelne Bettplätze im Schlafwagen reservieren, ohne gleich eine gesamte Abteilbuchung vorzunehmen. Gemeinsam mit anderen Reisenden kann so ein Abteil geteilt und kostengünstig gereist werden.
Fahrkarten für die neue Fahrplansaison lassen sich ab dem 16. Oktober 2008 buchen, die neue City Night Line-Fahrplanbroschüre mit ausführlichen Informationen über das gesamte Streckennetz ist ab Ende Oktober erhältlich.